水戸老公（里見浩太朗）は西山荘で晴耕雨読の日々を送っていた。大日本編纂の資料を受け取りに江戸の上屋敷へ出向いた助三郎（原田龍二）は昌平黌時代の学友である、赤津藩の山内裕之進（中村繁之）と久々に再会し、赤津藩が取り潰しの危機にあることを知る。ことの発端は、赤津藩の老爺・吾平が花崎領の松の木を切ったため斬りつけられたことであった。
赤津藩と花崎藩は瀬戸内海に面して隣接しており、かつては1つの藩であったが、分かれて以来争い

ごとが絶えない間柄であった。斬りつけられた吾平は裕之進の妹・志保（小沢真珠）が医術の修業をしている藩医に運び込まれるが、自分は無実であると言い残して息絶えたのだった。さらに花崎藩は、この事件は赤津藩が領地を広げるために起こしたものであると大目付に訴え出て、解決を託された老中・柳沢吉保（橋爪淳）は赤津藩の言い分を退け、花崎藩に一方的な裁定を下した。

裕之進は藩存続のため、必死で柳沢に頼み入るために頭を下げてまわっていた。そんな兄の屈辱的な姿を見かねて、志保は助さんとともに裕之進に他の解決法を探るよう説得する。しかし、近いうちに、将軍・綱吉（堤大二郎）が柳沢の屋敷で裁可を下すという。赤津藩が取り潰しになるのは、もはや時間の問題であった。一方、風車の弥七（内藤剛志）から知らせを受けたご老公一行は江戸へと向かう。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　

いてもたってもいられない志保は、藩のため、兄のために、自らの命を顧みず将軍に直訴を申し出ようとしていた。志保は幼い頃、疱瘡で命を落としそうになったとき、兄の祈りによって命を救われたことを今も感謝し、兄の役に立ちたいとずっと思っていたのだった。

ご老公一行の到着により、志保の無謀な行動は制されたのも束の間、花崎藩の手下が鉄砲で襲ってきた。志保をかばい、裕之進は撃たれ、最期まで赤津藩の存続を願って息絶えたのだった。

ただならぬ事態であることを察知し、ご老公は真実を調べに、格之進（合田雅吏）、お娟（由美かおる）新助（松井天斗）を伴って、船で瀬戸内へと向かった。そこには、さらに2藩を揺るがせる事実が待ち受けているのであった。ご老公は、胸騒ぎがしてならなかった。あの志保がこのまま大人しくしているとは思えず…。